O processo de organização em aglomerações empresariais não implica em eliminação da concorrência entre os participantes, mas sim, num trade-off de competição e cooperação. Parte-se de uma fase de disseminação industrial e de mercado, passa-se a uma fase de incubação e à fase seguinte de big bang da rede, que leva a rápida criação de novas empresas concorrentes, mas com fortes laços recíprocos e também implícitos no emprego de médios e avançados padrões tecnológicos produtivos. Os contratos firmados são instrumentos de regulação das transações externas e internas à aglomeração empresarial. Os estímulos emitidos estão amparados na cooperação, baseados numa relação de confiança mútua amparada na boa coordenação e assegurada pelo regime transacional das redes integrantes das aglomerações produtivas locais regionais.
Esta inter-relação dos agentes da aglomeração produtiva e das aglomerações pode ficar prejudicada caso não se alcance uma coordenação coesa entre os agentes, na medida em que existe uma grande diversidade institucional, também em relação ao tamanho dos agentes e a menor ou maior centralização de seus fluxos internos. A partir daí, é importante identificar grupos homogêneos que estabeleçam padrões similares de relacionamento, observando as relações típicas, hierarquização e formas de coordenação. Estes são aspectos do regime transacional que servirá de base contratual para as relações cooperativas.
É a boa coordenação da estrutura de governança, ou seja, da estrutura institucional de apoio, que permitirá ganhos de eficiência e flexibilidade mediante as alterações do ambiente. As ações poderão ser de caráter bilateral ou multilateral, horizontal ou vertical, chegando-se a um ponto em que exista uma base contratual mais ou menos formalizada.
Nesta ótica, dois problemas podem ser lembrados: uma determinada rede interna da aglomeração empresarial, envolve uma multiplicidade de relacionamentos bilaterais e, outro fato, refere-se à dificuldade de formalização de um arcabouço contratual bem definido em ambientes sujeitos a intensas e significativas mudanças tecnológicas. Esses fatores podem dificultar o desenvolvimento de uma base contratual formalizada de longo prazo, mas quando as oportunidades vêm, os agentes encontrarão saídas que serão lapidadas nos ciclos futuros.
Um dos elementos importantes na comunidade é a valorização da confiança micro e macroeconômica. É a confiança que permite que os empresários façam investimentos arriscados, pois sabem que outros membros da comunidade comprarão os produtos do investimento, em vez de se tornarem clientes de outros. Pode-se promover a interação dos agentes da mesma rede e intra-redes tais como: confiança local baseada em competências, em laços fraternais; aquela criada no processo, característica dos agentes, fruto de relações interpessoais, institucionalmente determinada onde os agentes se inserem em função de determinados atributos competitivos.
Esse conjunto de fatores, à medida que amadurece, vai dar novas respostas às mudanças do ambiente institucional reforçando a coesão, facilitando os ganhos da rede e abrindo novos horizontes de perspectiva para uma aglomeração empresarial produtiva, seja de que setor for. São os planejamentos, micro e macroeconômicos, assegurados por estabilidades políticas e econômicas, que permitem assegurar a necessária confiança para as aglomerações empresariais crescerem e se fortalecerem no mercado interno e externo.