Arapongas é uma cidade referência em Saúde na região, sediando diversas clínicas médicas das mais diferentes especialidades clínicas e 3 hospitais. A cidade é sede do Hospital Norte do Paraná (Honpar), que recebe pacientes de todo o estado e é referência no tratamento de doenças cardíacas e oncologia.
Durante a pandemia, o hospital tornou-se referência na região também para o tratamento da Covid-19, disponibilizando 40 leitos de enfermaria e 20 leitos de Unidade de Terapia Intensiva (UTI) exclusivos para o tratamento da doença.
Recentemente, o Honpar anunciou a licitação para a construção de um novo Pronto Socorro que deve acrescentar 100 novos leitos ao hospital. O processo de contratação de uma empresa responsável pela construção da nova ala está em fase final. A unidade será viabilizada com verba de R$ 16,9 milhões autorizada pelo Governo Estadual, liberada ano passado. O projeto já está pronto e compreende obra de 3,9 mil metros quadrados, às margens da PR-444, com previsão de conclusão em até três anos.
Arapongas conta ainda com o Hospital Santa Casa, que compreende um corpo clínico de 56 médicos atendendo do serviço ambulatorial e hospitalar, com clínica médica, cirurgia pediátrica e obstétrica. Ao todo são 101 leitos regulares e 11 leitos de UTI. O hospital e maternidade Santa Rita completa a rede de atendimentos no município.